Extension update question

PunBB automatically compares extension version installed with version which is in manifest.xml, so just update version number and edit <install>

This is for example pun_pm's <install>
[code=php]
// Setup main table
if (!$forum_db->table_exists('pun_pm_messages'))
{
    $schema = array(
        'FIELDS'            => array(
            'id'                => array(
                'datatype'        => 'SERIAL',
                'allow_null'    => false
            ),
            'sender_id'            => array(
                'datatype'        => 'INT(10) UNSIGNED',
                'allow_null'    => false,
                'default'        => '0'
            ),
            'receiver_id'        => array(
                'datatype'        => 'INT(10) UNSIGNED',
                'allow_null'    => true
            ),
            'lastedited_at'        => array(
                'datatype'        => 'INT(10) UNSIGNED',
                'allow_null'    => false,
                'default'        => '0'
            ),
            'read_at'            => array(
                'datatype'        => 'INT(10) UNSIGNED',
                'allow_null'    => false,
                'default'        => '0'
            ),
            'subject'            => array(
                'datatype'        => 'VARCHAR(255)',
                'allow_null'    => false,
                'default'        => '\'\''
            ),
            'body'                => array(
                'datatype'        => 'TEXT',
                'allow_null'    => false
            ),
            'status'            => array(
                'datatype'        => 'VARCHAR(9)',
                'allow_null'    => false,
                'default'        => '\'draft\'',
            ),
            'deleted_by_sender'    => array(
                'datatype'        => 'TINYINT(1)',
                'allow_null'    => false,
                'default'        => '0'
            ),
            'deleted_by_receiver'=> array(
                'datatype'        => 'TINYINT(1)',
                'allow_null'    => false,
                'default'        => '0'
            )
        ),
        'PRIMARY KEY'    => array('id'),
        'INDEXES'        => array(
            'sender_id_idx'        => array('sender_id'),
            'receiver_id_idx'    => array('receiver_id'),
        )
    );

    $forum_db->create_table('pun_pm_messages', $schema);
}
else if (defined('EXT_CUR_VERSION') && version_compare(EXT_CUR_VERSION, '1.1b2', '<')) {
    $forum_db->add_field('pun_pm_messages', 'lastedited_at_new', 'INT(10) UNSIGNED', false, '0');
    $forum_db->add_field('pun_pm_messages', 'read_at_new', 'INT(10) UNSIGNED', false, '0');

    $forum_db->query('UPDATE '.$forum_db->prefix.'pun_pm_messages SET lastedited_at_new = UNIX_TIMESTAMP(lastedited_at)');
    $forum_db->query('UPDATE '.$forum_db->prefix.'pun_pm_messages SET read_at_new = UNIX_TIMESTAMP(read_at)');

    $forum_db->drop_field('pun_pm_messages', 'lastedited_at');
    $forum_db->drop_field('pun_pm_messages', 'read_at');

    $forum_db->query('ALTER TABLE '.$forum_db->prefix.'pun_pm_messages
        CHANGE lastedited_at_new lastedited_at INT(10) UNSIGNED NOT NULL DEFAULT 0,
        CHANGE read_at_new read_at INT(10) UNSIGNED NOT NULL DEFAULT 0,
        MODIFY status VARCHAR(9) NOT NULL DEFAULT \'draft\'') or error(__FILE__, __LINE__);
}

// Add extension options to the config table
if (!isset($forum_config['o_pun_pm_inbox_size']))
{
    $query = array(
        'INSERT'    => 'conf_name, conf_value',
        'INTO'        => 'config',
        'VALUES'    => '\'o_pun_pm_inbox_size\', \'100\''
    );
    $forum_db->query_build($query) or error(__FILE__, __LINE__);
}

if (!isset($forum_config['o_pun_pm_outbox_size']))
{
    $query = array(
        'INSERT'    => 'conf_name, conf_value',
        'INTO'        => 'config',
        'VALUES'    => '\'o_pun_pm_outbox_size\', \'100\''
    );
    $forum_db->query_build($query) or error(__FILE__, __LINE__);
}

if (!isset($forum_config['o_pun_pm_show_new_count']))
{
    $query = array(
        'INSERT'    => 'conf_name, conf_value',
        'INTO'        => 'config',
        'VALUES'    => '\'o_pun_pm_show_new_count\', \'1\''
    );
    $forum_db->query_build($query) or error(__FILE__, __LINE__);
}

if (!isset($forum_config['o_pun_pm_show_global_link']))
{
    $query = array(
        'INSERT'    => 'conf_name, conf_value',
        'INTO'        => 'config',
        'VALUES'    => '\'o_pun_pm_show_global_link\', \'1\''
    );
    $forum_db->query_build($query) or error(__FILE__, __LINE__);
}

// Field for cache
if (!$forum_db->field_exists('users', 'pun_pm_new_messages'))
    $forum_db->add_field('users', 'pun_pm_new_messages', 'INT(10)', true);

// User options
if (!$forum_db->field_exists('users', 'pun_pm_long_subject'))
    $forum_db->add_field('users', 'pun_pm_long_subject', 'TINYINT(1)', false, 1);
[/code]

Is what you've added not something that is of interest to the community and therefor could be built into that official extension as an option?

Doesn't disabling, clearing cache and enabling again work in your case though?